A Coleção Pré-Colombiana é composta, principalmente, por peças provenientes do Peru, país das civilizações consideradas as mais avançadas do continente sul-americano. Os povos nativos ou permaneciam nômades, vivendo da caça, da pesca e da colheita de frutos selvagens ou se fixavam ao solo e trabalhavam a terra, plantando milho, feijão, batata e plantas têxteis, como o agave e o algodão; domesticavam animais; construíam casas, pirâmides e templos; esculpiam a pedra e modelavam a argila, trabalhando, também, com o metal.

As principais civilizações peruanas representadas no acervo de Eva Klabin são nazca e chimu. A nazca, nascida nos primeiros séculos da nossa era até c. 700 e desenvolvida às margens do Pacífico sul, numa região semi desértica, nos deixou vasos de cerâmica antropomorfos, policromados e decorados com animais fantásticos, bem como fragmentos de tecido de algodão e lã, com belas cores. A chimu (1200-1450), situada mais ao norte do país, dedicou-se à ourivesaria e à cerâmica sempre modelada e de cor bem escura, quase preta. A coleção possui exemplares de cantis, garrafas gêmeas com gargalos unidos por um tubo e encimados por um animal que podia ser um macaco ou um pássaro e vasos assobiadores, que produziam sons com o movimento do líquido que continham, como que a imitar os sons da natureza, como o ruído de animais e o canto dos pássaros.

Há ainda vasos provenientes das civilizações yanpara (1470-1538), lambayeque (?), da boliviana tiahuanaco (1000-1200), próxima ao lago Titicaca, contando-se, também, quatro estatuetas mexicanas representando figuras humanas e guerreiros de civilização não identificada.

Além da cerâmica, a coleção tem vasos de madeira do tipo Quero, uma pequena balança de osso e fragmentos de tecidos de algodão e lã.